本就是国务院中的一员，而其上司赵秉钧为案中巨犯，又怎能不让人心存疑问？电末，黄兴请袁世凯“独持英断，毋为所挠”，以“维大局而定人心”。
两日后，袁世凯回电，称总.理赵秉钧与应桂馨只通过一次信函，即一月十四日附信送达“密码电一本”，并声明今后“有电直寄国.务.院”，如果仅凭这一信件就一口咬定赵秉钧是“宋案”主犯，在法律与证据上都站不住脚。
再者，“近年来那些闹二次革命、三次革命的，无不假托伟人，如凭为嫁祸之媒，不免人人自危”。
“赵秉钧、洪述祖、应桂馨三人来往之事，好比甲、乙谋丁，甲骗乙说丙已授意，而丙实际上并不知情，如果以此定丙之罪，未免不公。现在的首要问题，还应请法律部门将各项证据详细研究，等到人证到齐，审判公开，自能水落石出”。
对于黄兴要求他直接命令设立特别法庭之事，袁世凯颇不以为然。他在回电中表示，民国既是立宪国家，司法独立原则不可轻易摧抑。司法总长许世英为保障法律而拒绝副署，此乃他的职分所在，并无偏私之见。如果任其辞职，法官界未免横起风潮。如此，对大局影响重大。当下“国事艰难，人心险恶，转移风气”，还希望黄兴能够理解。
袁世凯