离开武昌，赴上海；十二月初，抵达南京。
民国元年（1912年）一月一日，中华民国在南京成立，宋教仁被任命为法制院院长，起草了宪法草案《中华民国临时**组织法》；四月二十七日，出任唐绍仪内阁的农林总长；七月，因不满袁世凯破坏《临时约法》，辞去农林总长之职；七月二十一日，当选为同盟会总务部主任干事，主持同盟会工作；八月二十五日，国民党成立，当选为理事，并被孙中山委为代理理事长。
民国二年（1913年）二月十三日，宋教仁自汉口沿江东下，二月十五日抵达上海，寄住在同孚路二十一号黄兴家中。在国民党选举胜利并且有望组织责任内阁的情况下，孙中山并没有与宋教仁就相关事宜进行直接磋商，反而经过与袁世凯中央**的密电协商，二月十日乘山城丸赴日本进行并不急切的考察访问。
二月十九日，宋教仁在国民党上海交通部发表演讲，明确地撇开孙中山发明的五权宪法而大讲他自己三权分立的宪政设想：“讨论宪法，行政、立法、司法三权应如何分配，中央与地方之关系及权限应如何规定，是皆当依法理，据事实，以极细密心思研究者”。接下来，他再一次以激烈言辞全盘否定袁世凯政.府当局的内政外交，认为只有国民党方面出