蔡元培眼见这一切，思想与来时本就有了很大的变化。加之汪精卫从中大力渲染，更使他认定：袁世凯离开北京，北方肯定出大乱子。
就给南京参议院发电：“北京兵变，外人极为激昂，日本已派多人入京。设使再有此等事变发生，外人自由行动恐不可免。培等睹此情况，集议以为速建统一政.府，为今日最要问题，余尽可迁就，以定大局。”以专使身份，要求参议院在袁世凯南下之事让步。
袁世凯也在兵变后致电孙.中.山，请他通融。南方临时政.府信以为真，以为北京的局势不知有多糟，黄兴竟提出要带兵北上，帮袁世凯弹压兵变，并保护袁世凯。
袁世凯真怕黄兴率兵北上，急忙回电：“顷此事变，该兵匪等事后尽数溃走，绝无政治上意见。鄙人连日严饬军警弹压面，抚恤被害商民 ，现人心已定，秩序渐次恢复。……毋庸远劳军旅，请停止出发。”
袁世凯还因此而通告全国：“专使到时，决意南下，组织联合政.府，统一南北，用慰国民之厚望。今遇此变，实行维艰，公等幸谅。且驻京外交图案及吾国驻外各代表等，均云方今欲巩固民国，保全共和，舍速建设统一政.府，别无他法。想全国心理，均表同情，因兹事变，南行无期，组织政.府，势必从