善能带兵，却性子倔强，与同僚和皇帝闹得不可开交。到得后来，几位蒙元的统兵大将竟然带兵围攻扩廓帖木儿。徐达和常遇春北伐，正是借着这一时机，才攻击大都得手。等到扩廓帖木儿击败其它元军时，徐、常二人已拿下大都，兵锋直指山西。
方国珍在浙江面临朱元璋的极大压力，便向扩廓帖木儿求援。其时扩廓帖木儿在山西全力应付徐、常的大军，哪有余力援助方国珍。当年九月，朱元璋派遣大将朱亮祖、汤和、廖永忠等出兵攻击方国珍。方国珍知道凭自己的兵力，此时已非朱元璋军队的对手，便于十一月归顺朱元璋。朱元璋倒也守信，并未与方国珍为难。洪武二年授方国珍领广西行省左丞的虚衔，但是全家都留居南京，手下水军收编充作船户，隶各卫为军。事实上已解除了方国珍的兵权，更是将其赖以成名的水军部队解散。方国珍在南京倒也算自在，躲过了洪武初年的几件大案，于洪武七年病死。
方国珍在蒙元末年乱世之中，在元军、朱元璋两大势力之间周旋，与双方私下里互通款曲，以图坐收渔翁之利。其实双方的主帅和谋士都已看出方国珍的目的，是以对他都有防备。待到蒙元与朱元璋决战之时，方国珍摇摆不定，忽降蒙元忽降朱明，令双方对他都极为恼火。更有人私下里称他